土壤污染導致嚴重的直接經濟損失。初步統計，全國受污染的耕地約有1000萬hm2，有機污染物污染農田達3600萬hm2，主要農產品的農藥殘留超標率高達16%~20%；污水灌溉污染耕地216.7萬hm2，固體廢棄物堆存占地和毀田13.3萬hm2。每年因土壤污染糧食減產超過1000萬t，造成各種經濟損失約200億元。

土壤污染導致生物產品品質不斷下降。因農田施用化肥，大多數城市近郊土壤都受到不同程度的污染，許多地方糧食、蔬菜、水果等食物中鎘、砷、鉻、鉛等重金屬含量超標或接近臨界值。每年轉化成為污染物而進入環境的氮素達1000萬t，農產品中的硝酸鹽和亞硝酸鹽污染嚴重。農膜污染土壤面積超過780萬hm2，殘存的農膜對土壤毛細管水起阻流作用，惡化土壤物理性狀，影響土壤通氣透水，影響農作物產量和農產品品質。

土壤污染危害人體健康。土壤污染會使污染物在植物體內積累，并通過食物鏈富集到人體和動物體中，危害人體健康，引發癌癥和其他疾病。

土壤污染導致其他環境問題。土壤受到污染后，含重金屬濃度較高的污染土壤容易在風力和水力作用下分別進入大氣和水體中，導致大氣污染、地表水污染、地下水污染和生態系統退化等其他生態環境問題。